1. Нормандия ещё находится в центре Галактики, ретранслятор Омега-4 не пройден. Шепард и его команда занимаются спасением экипажа странного судна, которое каким-то образом оказалось поблизости. Большой корабль-призрак (кварианская станция, аналог корабля Серого посредника и т.п.), посылающий сигнал SOS, и связанные с этим "приключения".
2. При повторной активации ретранслятора Омега-4, Нормандию забрасывает в неведомые дали (ошибка компьютера). Тут можно придумать всё, что угодно: либо доселе неизведанный мир, либо один из известных, но враждебных миров (батарианцы, яги и т.п.). Шепарду предстоит восстановить Нормандию, и покинуть планету, пока его и команду не сожрали или не пристрелили. В том случае, если Шепард попадает в неизведанный мир, местный ретранслятор будет иметь определённое свойство - открывать маршрут в любую точку галактики. А следовательно, к началу Mass Effect 3 Нормандия сможет вернуться в то место, которое задумали разработчики по сюжету.
3. База коллекционеров взорвана, Цербер начинает охоту за Шепардом. Капитан вынужден затаиться на какой-нибудь планете, чтобы починить корабль и благополучно долететь до Земли. Планеты могут быть любые – от всем приевшегося Иллиума, до каких-нибудь экзотических ханарских или элкорских миров. Основной враг – Цербер и его агенты. Присутствие Миранды и Джейкоба на борту Нормандии будет добавлять интереса игре.
4. Угроза Жнецов перестала быть мифом, Нормандия спасла капитана Шепарда с астероида, уничтожившего ретранслятор Альфа, но экипаж корабля знает: время Человечества истекло, Жнецы вернулись в галактику и теперь атака на Землю - вопрос нескольких дней, если не часов. У ретранслятора, находящегося рядом со станцией Гагарина, появляется корабль неизвестной ранее конструкции, прибывший из неисследованного сектора галактики. Это не Жнец - но это явно не творение одной из известных рас. А далее можно приписать его кому угодно - хоть рахни, хоть жертвам Жнецов, хоть коварной расе прислужников.
5. После суицидки ретранслятор выкидывает Нормандию в неизвестную систему. Там с одной из планет поступает сигнал бедствия. Спускаемся находим странный комплекс с лабораториями. Поскольку Нормандия повреждена, то вся команда вынуждена задержатся, пока не починят корабль. И тогда Шеп и ко получают возможность заняться расследованием случившегося, открывая новые тайны.